Tsunku, a Sharan Q frontembere 1997-ben egy meghallgatást rendezett női pop-rockénekesek számára az Asayan japán televíziós műsorban. A győztes Michiyo Heike lett, aki szólókarrierbe kezdhetett. A kislemez azonban nem lett olyan sikeres, mint ahogy azt Tsunku remélte, így úgy döntött, létrehoz egy lánycsapatot a döntőbe jutott lányokból: Nakazawa Yukoból, Abe Natsumiból, Iida Kaoriból, Fukuda Asukaból és Ishiguro Ayaból. Azonban egy kihívás elé állította őket: ha sikerül eladniuk a demo kislemezükből, az „Ai no Tane”-ből 50 000 példányt mindössze 5 nap alatt, akkor sikerre viszi őket. A lányok elfogadták a kíhívást, és meg is feleltek. 5 nap alat sikerült eladniuk a megfelelő példányszámot, így Tsunku nekiláthatott, hogy létrehozza japán egyik leghíresebb lánycsapatát.

1998 januárjában jelent meg első kislemezük, a „Morning Coffee”. A kislemez sikere (8 hétig volt az Oricon toplistán, ez idő alatt 200 790 példányban kelt el) újabb 3 tagot hozott a csapatba: Yasuda Keit, Yaguchi Marit és Ichii Sayakat, a második generációt. Így a csapat létszáma 8 főre duzzadt. A 2. kislemezük a „Summer Night Town”, amit már ez a nyolcas formáció énekelt.
Ekkortájt került megrendezésre az első koncertjük is. A lányok szerettek volna Mochiyo Heikevel fellépni, aki nem adta fel karrierjét az első kislemez siekrtelensége miatt sem. Így jött létre a később Hello! Projectként ismertté vált formáció első változata, mely a Tsunku által menedzselt együtteseket és szóló énekeseket tömörítette a későbbiekben.
A harmadik kislemezük, a „Daite Hold on me!” – a másodikhoz hasonlóan – elérte az első helyet a toplistákon. Ilyentájban indította a csapat vezetője, Nakazawa Yuko a szólókarrierjét is. Első lemezük, a „First Time” ’98 júliusában jelent meg, és az „Ai no Tane”-t, a „Morning Coffee”-t és a „Summer Night Town”-t tartalmazta.
Még ebben az évben alapította Tsunku a Tanpopot is, a Morning Musume első alcsoportját, ami lassabb ritmusú, éretteb dalokat énekelt. A tagjai Kaori, Aya és Mari lettek és az első dalukat ("Last Kiss") a Sorcerer Stabber Orphen című anime sorozat főcímdalának választották.

1999 a 4. kislemezzel kezdődött, aminek a címe „Memory Seishun no Hikari” lett. Az Oricon toplistán 2. heleyt ért el. A dalban helyet kaptak rappelős részek is. Ez volt Fukuda Asuka utolsó kislemeze a MoMusuval, mert – elmondása szerint – a tanulmányaira szeretne koncentrálni, ezért kilépett.
A „Manatsu no Kousen” májusban jelent meg, és a nyár egyik slágere lett. Ez a kislemez 3. lett a toplistákon, de az eladása megfeleződött. Leesőben voltak a listákról, mikor a 6. kislemezükkel, a „Furusato”-val 5. helyezést értek el. A dalt Nacchi énekelte, a többiek pedig bekapcsolódtak itt-ott. Bár 5. lett, az eladások megint megfeleződtek.
Második lemezük, a „Second Morning” ’99 júliusában jelent meg, és az utóbbi 4 kislemezt tartalmazta.
Tsunku, hogy új életet vigyen a csapatba, 3. generációs meghallgatást tartott. Ekkor Goto Makival bővült az együttes. Maki 13 éves volt csak, így a legfiatalabb MoMusu tag.
Hetedik kislemezük, a „Love Machine” hatalmas sláger lett, összesen 1 646 630 példányt adtak el belőle. Ez volt az eddigi legmagasabb eladási számuk. A „Love Machine” volt Maki első és Aya utolsó kislemeze. A vad sikere drámaian növelte a csapat népszerűségét.
Hamarosan Makiból, Keiből és Sayakaból megformálták a Petitmonit (Pucchi Moni néven is ismert). A Petitmoni első kislemeze, a „Chokotto Love” 1 123 610-es eladásával vetekedett a „Love Machine”-nal.

2000-ben adták ki a „Koi no Dance Site” c. kislemezüket, ami majdnem elérte a „Love Machine” sikerét. Az első héten mindössze 600 860 példány kelt el belőle. Ezzel az elképesztő eladással azonban nem lett első, mert a „Koi no Dance Site”-al egynapon jelent meg a Southern All Stars legnagyobb sikere, a TSUNAMI, ami 2.93 milliós eladásával ellopta az első helyet. Ishiguro Aya még a kislemez kiadása előtt elhagyta a csapatot, hogy összeházasodjon Shinyaval, a Luna Sea rockcsapat dobosával.
2000 másik fontosabb eseménye a kevert csoportok alapítása volt. 3 csoportot alakítottak ebben az évben: az Akagumi 4-et, a Kiiro 5-öt és az Aoiro 7-et. Mindi-mind egy-egy kislemez csapatok voltak. Az egész arra ment ki, hogy versenyezzenek: meylik csapat tudja a legtöbb példányt eladni? A versenyt az Akagumi 4 nyerte meg. Ezzel nem ért sok meglepetés senkit sem, elvégre az Akagumiban Goto Maki volt a vezető énekes.
Márciusban kiadták 3. lemezüket, a „3rd-Love Paradise”-t. Bár rajta volt a „Love Machine” és a „Koi no Dance Site” is, első helyet nem ért el, de így is 800 000-nél több péládnyt adtak el. Ez volt az eddigi legmagasabb eladási számú lemezük.
Mindezen kívül még egy új generációs meghallgatás is volt. A negyedik generációs tagok pedig: Ishikawa Rika, Yoshizawa Hitomi, Tsuji Nozomi és Kago Ai. A 12 éves páros, Kago és Tsuji csatlakozása egy teljesen új külsőt kölcsönzött a csapatnak. Az új generáció debütáló kislemeze, a „Happy Summer Wedding” sikere után (1. hely 990 950 eladott kislemezzel) Ichii Sayaka kilépett, hogy saját zenei karrierjén dolgozzon. Később a Cubic Cross együttes énekese lett, majd még később összeházasodott az egyik taggal, Yoshizawa Naokival (nem rokona Hitominak!!!). Ishiguro és Ichii távozásával az alcsoportok összetétele is változott: Yoshizawa Hitomi a Petitmonihoz, Kago Ai és Ishikawa Rika pedig a Tanpopohoz csatlakozott. Eközben Yaguchi Mari Kagoval és Tsujival Mini Moniként szerepelgettek koncerteken. A Mini Moni a fiatalabb közönséget célozta meg dalaival, tagjai pedig az 150 cm-nél alacsonyabb MoMusu tagokból álltak. Később a Coconuts Musuméből Mika Todd is csatlakozott a csapathoz, és Tsunku hivatalosította őket. Debütáló kislemezük, a „Minimoni Jankenpyon!” Oricon első lett.
Idol csapatként rendkívül népszerűek lettek, már egy korábbi, igen népszerű hasonló csapattal, a SPEED-del hasonlítgatták őket. Az „I Wish” és a „Renai Revolution 21” (Nakazawa utolsó kislemeze) csak folytatták a vidám dallamú popszámok sorozatát.
Ez évben kezdték el azt a szokásukat is, hogy minden évben bemutatnak egy musicalt, ezzel új területeket „meghódítva”. Első musicaljük a Love Century –Yume wa Minakerya Hajimaranai-.

2001 áprilisában Nakazawa Yuko graduált a cspatból, hogy a szóló karierrjére fókuszálhasson (többek közt a kora is ok volt), így Yasuda Kei és Iida Kaori lettek a csapat vezetői. Eközben Ishikawa Rikát „kölcsönadták” az inkább már inaktív csapatnak, a Country Musumének. Hivatalosan nem csatlakozott a csapathoz, csak együtt énekelt velük egy ideig.
A júliusban kiadott új kislemezük, a „The Peace!” sem törte meg a #1 dalok sorozatát. Január végén adták ki a legnagyobb eladással rendelkező Hello! Project albumot, a „Best! Morning Musume 1.” – et, amit több mint 2 és fél millió (2 259 510) példányban adtak el. Az album 15 számot tartalmazott, köztük az akkor még új „Say Yeah! –Motto Miracle Night-” – ot.
2001 végén 4 új tag csatlakozott a csapathoz: Takahashi Ai, Konno Asami, Ogawa Makoto és Niigaki Risa. Ők lettek az 5. generáció tagjai. Első kislemezük a „Mr. Moonlight: Ai no Big Band” (mert ugye elég nagy lett a csapat: 13 fő).

2002 februárjában jelent meg a következő nagy slágerük, a „Souda! We’re Alive”. Júliusban megjelenő kislemezük, a „Do It! Now” megtörte a #1 számokat, és #3 lett. Ez volt Goto Maki utolsó kislemeze.
Negyedik albumuk, a „4th Ikimasshoi!” márciusban jelent meg – kétévnyi várakozás után. Ez volt az első album, ami első helyet ért el az Oriconon. Az album tartalmazta a „Renai Revolution 21” (az akkori 13-as formációval újravéve), „The Peace!” (hosszabb verzió), „Mr. Moonlight: Ai no Big Band” (párbeszéddel az elején) és a „Souda! We’re Alive” kislemezeket.
Később Goto Maki graduált a csapattól, ezt pedig az alcsoportok átformálása követte. Tsunku eltávolította Iida Kaorit, Yaguchi Marit és Kago Ait a Tanpopoból, helyükre pedig Konno Asamit, Niigaki Risat és Shibata Ayumit (Melon Kinenbi) helyezte Ishikawa Rika mellé. A Tanpopo csak egy kislemezt adott ki ezzel az új felállással, mielőtt elkezdődött inaktivsága. Yasuda Kei és goto Maki helyére Ogawa Makoto és Kimura Ayaka (Coconuts Musume) kerültek a Pucchi Moniban, de egyetlen kislemezük sem jelent meg az átformálás után, csupán koncerteken léptek fel. „Wow Wow Wow” című számuk később rákerült a Petit Best 4 lemezre. A Moni Moniban Yaguchi Mari helyére Takahashi Ai került. A Moni Moni a tagcsere után is több kislemezt és egy lemezt is megjelentetett. Egészen addig működtek, míg Mika Todd 2004 májusában ki nem lépett. Ezután a Mini Moni is inaktivvá vált.
Októberben megjelent „Koko ni Iruzee!” című kislemezük, ami ismét első helyezett lett az Oriconon.

2003 februárjában jelent meg 17. kislemezük, a gyerekes hangzású „Morning Musume no Hyokkori Hyoutan-jima”. Ez volt az első feldolgozásuk, így az első alkalom is, amikor nem Tsunku írta a dalszöveget.
Április egy figyelemre méltóan sikeres kislemezt, az „AS FOR ONE DAY”-t hozta, amiből 129 893 példány kelt el. Természetesen az Oricon #1 hely sem maradt el. Ez volt az utolsó Oricon első kislemezük, egészen az Aruiteruig (2006). Yasuda Kei számára is ez volt az utolsó kislemez.
Még a hatodik generáció meghallgatásai előtt megjelent ötödik albumuk, a „No.5”. Ezen az albumon még Yasuda Kei is szerepelt, de utoljára, Abe Natsumival együtt. Azonban ez volt az első olyan album, amin vendégként korábbi tag is szerepel, ezesetben Goto Maki személyében, aki énekelt a „Megami ~Mousse na Yasashisa~”-ban és a „Ganbacchae”-ban. Maga a lemez csupán két kislemez számát tartalmazta: „Do It! Now” és „Koko ni Iruzee!”.
2003 közepén a hatodik generáció keretein belül 4 új lány került a csapatba: Fujimoto Miki, Kamei Eri, Michishige Sayumi és Tanaka Reina. Miután az újévi „Kouhaku Uta Gassen”-ben sikeresen szerepelt héttártáncosként néhány MoMusu taggal, Tsunku megengedte Fujimoto Mikinek, hogy 6. generációs tagként csatlakozzon a Morning Musumehez. A debütáló koncertjük votl egyben Yasuda Kei búcsúkoncertje is. Tsunku ebben az időben azt mondta egyszer, hogy a 16-nál (ami akkor volt) soha nem lesz több tag egyszerre a Morning Musumeben. (értelmes mondatxD de a lényeget értitek, igaz?x$)
A hatodik generáció debütáló kislemeze a „Shabondama” volt, aminek érdekessége, hogy igencsak perrrrgetik az „r” betűket.
Kei kilépése után Mari lett a „vezető helyettes” a csapatban, ezzel együtt H!P Kids edzőjévé is vált. Végül megformálta ZYX-et jómagából és 5 H!P Kids tagból.
Később a Morning Musume két alcsoportra vált szét: a Morning Musume Sakura Gumira, és a Morning Musume Otome Gumira. Így több olyan városban is tudtak koncertezni, ami nem lett volna képes 15 tag számára elég helyet biztosítani. A Sakura Gumi tagjai Abe Natsumi, Yaguchi Mari, Yoshizawa Hitomi, Kago Ai, Takahashi Ai, Niigaki Risa, Konno Asami és Kamei Eri voltak, és a lassabb, tradicionálisabb számokat adták elő, míg Otome Gumi a poposabb, enyhén rockos számokat énekelték. Az Otome Gumi tagjai Iida Kaori, Ishikawa Rika, Tsuji Nozomi, Ogawa Makoto, Fujimoto Miki, Michishige Sayumi és Tanaka Reina voltak. Mindkét „félcsoport” két-két kislemezt jelentetett meg (Sakura Gumi: „Hare Ame Nochi Suki”, „Sakura Mankai”; Otome Gumi: „Ai no sono ~Touch My Heart!~”, „Yuujou: Kokoro no Busu ni wa Naranee!”).
2003 utolsó kislemeze a „Go Girl: Koi no Victory” volt, amiben a tagok aranyos, lányos „körülmények között” hirdetik szerelmük győzelmét.

2004 januárjában Abe Natsumi („a Morning Musume arca”) kilépett a csapatból, hogy szólókarrierjére koncentráljon. Utolsó kislemeze az „Ai Araba It’s ALL RIGHT” volt. Talán Nacchi kilépése miatt, talán nem, de ez volt az utolsó kislemez, aminek eladása 100 000 fölött volt.
Hamarosan megjelent 22. kislemezük, a „Roman ~MY DEAR BOY~” enyhe rockos beütésekkel. Ezt követte nemsokára a 23. kislemezük, a „Joshi Kashimashi Monogatari”, aminek érdekessége, hogy magukról a tagokról szól – minden tag kapott egy-két sort a személyiségéről. Ezt a számot később többször is átdolgozták, és „Joshi Kashimashi Monogatari 2”, valamint „Joshi Kashimashi Monogatari 3” néven szerepeltek a hatodik és hetedik lemezeiken. A „Joshi Kashimashi Monogatari” megjelenése után nemsokkal graduált Tsuji Nozomi és Kago Ai, hogy új szólócsapatukra, a W-re (Double You) fókuszálhassanak.
2004 közepén jelent meg második best-of lemezük, a „Best! Morning Musume 2”. Egyetlen új számot tartalmazott, a „Yah! Aishitai”-t.
Még ebben az évben került sor a hetedik generáció meghallgatásaira is több Japán városban. A meghallgatásokat Lucky 7-nek nevezték el, mert ugye 2004 volt a hetedik éve a Morning Musume létezésének, illetve ez volt a hetedik meghallgatás is. Bár hat döntős is született, Tsunku 2005. január 9-én bejelentette, hogy a meghallgatásoknak nem lett győztese. Elmondása szerint túl magasak voltak az elvárásai, merthát a csapat új „adu-ászát” szerette volna megtalálni. Ez volt olyan meghallgatás, ami nem hozott új tagokat a csapatba.
2004 novemberében jelent meg „Namida ga Tomaranai Houkago” című balladájuk, ami Konno Asamira, Michishige Sayumira és Ishikawa Rilára helyezte a hangsúlyt.
Ezt a kislemezt követően jelent meg a „Morning Musume Early Single Box”. Ez 9 Cd-t tartalamzott: az első nyolc kislemezüket egy-egy ráadás számmal, és egy karaoke Cd-t a sikeresebb számaikból.
2004 végén pedig megjelent 6. studio albumuk, a „Ai no Dai 6 Kan”, ami decemberben érte el a boltokat. Az új album 3 kislemez számát tartalmazta: „Roman ~MY DEAR BOY~”, „Joshi Kashimashi Monogatari” és „Namida ga Tomaranai Houkago”. Ez volt Kago Ai, Tsuji Nozomi, Iida Kaori, Yaguchi Mari és Ishikawa Rika utolsó albuma.