2000-ben találta ki a csapatot a Morning Musume tag Yaguchi Mari, aki egy olyan csapatra gondolt, aminek tagjai 150 cm magasak, vagy annál alacsonyabbak. Yaguchi és a Morning Musume dalszövegírója és poducere, Tsunku két új MoMusu tagot választottak a csapatba, Kago Ai-t és Tsuji Nozomit, és a 3-tagú Mini Moni már ebben az időben elkezdett fellépni koncerteken. Az amerikai születésű Mika Todd (Coconuts Musume) csak kicsivel később került a csapatba, hogy „nemzetközi zamat”-ot adjon a csapatnak, és Tsunku hivatalossá tette őket. Debütáló kislemezük, a „Minimoni Jankenpyon!” első volt a ranglistákon.
Habár a Mini moni célközönsége főként a fiatalabb közönség volt (annak ellenére, hogy Mari és Mika már kicsit idősebbek voltak), az idősebb közönség soraiban is szép rajongótáborra tettek szert eddigi MoMusu fanok körében (főként Yaguchi, Kago és Tsuji miatt), és a fiatalabb Mini Moni rajongók szülei körében is.

A négyes 2001-2002-ig számos kislemezt jelentetett meg, melyek többsége rá is került első albumukra, a „Minimoni Song Daihyakka Ichimaki”-ra. Az album zenei stílusa igen változatos volt, megjelent a blues, az electronica, a jazz, a reggae és még sok más.
A csapat hirtelen megjelenése természetesen rengeteg TV-s szereplést vont maga után, amelyek nagy részét online is közvetítették, a külföldi fanok érdekében.
A kislemezeik megjelenésével egyidőben a csapat egy kis rajzfilmsorozatot is indíthatott, a Yarunoda Pyon!-t, amiben saját maguknak adták a hangjukat. A Mini Moni tagok hangját a Hamtaro sorozatban is hallhattuk, ami a Mini Moni hörcsög verzióját tartalmazta. A csapat külön két számot fel is vett a Hamtaro-nak „MiniHams” néven.

2002-ben Yaguchi Mari kilépett a csapatból, hogy átvehesse a ZYX alcsoport vezetését, melyben először keveredtek az akkori tagok a Hello!Project Kids-el. Yaguchi helyét egy másik Morning Musume tag, Takahashi Ai vette át, de, mivel akkor Mika Todd volt a legidősebb, Mika vette át a csapat vezetését.
Még ebben az évben megjelent egy filmjük, a „Mini Moni ja Movie: Okashi na Daibouken!”, amiben többek között emagyarázzák azt is, hogy Mari kilép a ZYX vezetése érdekében, és hogy Takahashi Ai hogy kerül a csapatba.

2003-ban megjelenő kislemezükkel, a „Crazy About You”-val egy érettebb, R&B stílusra „kaptak rá”, ami második lemezükön, a „Minimoni Songs 2”-n is erősen érezhető. A bolondos oldaluk is igen jól megvolt az albumon két másik számmal, ami a Hamtaro-hoz készült „MiniHams”-ként. Yaguchi is feltűnt háromszor az albumon, az plyan számokban, amik az Okashi na Daibouken! Soundtrack-ján is szerepeltek. Továbbá, a Mini Moni tagok szerepeltek egy mini-sorozatban, a Mini Moni The Brementown Musicians-ban, Takahashi, Tsuji és Kago főszereplőként, Mika pedig 2 részben is feltűnt.

A csapat 2004 májusában feloszlott, miután Mika Todd kilépett, és megjelent utolsó kislemezük, a „Lucky Cha Cha Cha!”.
Érdekességként megemlíteném, hogy az összes PVben Mika más ruhát viselt, mint a többi tag, talán afféle megkülönböztetésként, hogy ő a legmagasabb tagja a csapatnak, vagy talán hogy ő Hawaii születésű, ellentétben a többiekkel.

2009-ben Tsunku új életre hívta a csapatot Shin Mini Moni néven, az új tagok pedig Linlin (vezető), Fukuda Kanon, Takeuchi Akari és Miyamoto Karin lettek. Megjelent egy új számuk is, a „Penpen Kyoudai”, ami a Hello!Project Pucchi Best 10-en volt megtalálható.